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usa-me as coxas
abre-me as pernas
e lentamente
Maria Teresa Horta
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Intitulado de Menino de Ouro, João Pinto herdou a braçadeira de capitão de António Veloso, após este ter-se retirado do futebol em 1995, mas não viria a conseguir ganhar outro campeonato. Alguns consideraram que teve uma baixa de qualidade derivado a má gestão do clube encarnado em 1995, mas seria considerado um talento da selecção nacional, juntamente com jogadores como Luís Figo e Rui Costa.
Finalmente, após desentendimento com o Presidente João Vale e Azevedo, rescindiu o seu contrato semanas antes do Campeonato Europeu de Futebol de 2000, fazendo dele o único jogador sem clube da competição. Portugal atingiria as meias finais do torneio.
Após o fim do Campeonato Europeu de Futebol de 2000, João Pinto teve várias propostas do estrangeiro mas viria a assinar pelo Sporting. Depois de um campeonato pobre, o Sporting contratou o Bota de Ouro Mário Jardel, tendo João Pinto voltado aos seus anos de ouro e ajudado o Sporting a vencer o campeonato. Apelidado de pai da equipa por Jardel, João Pinto jogaria quase todos os jogos, apontando ainda nove golos.
Além de um jogador talentoso, João Pinto foi sempre igualmente conhecido pelo seu comportamento intempestivo dentro de campo, com várias agressões e cartões vermelhos. A sua batalha com o jogador do FC Porto e seu colega de equipa na selecção nacional Paulinho Santos durou anos e ambos foram expulsos por diversas ocasiões após se terem envolvido em agressões, além disso, João Pinto sofreu varias lesões nos confrontos com Paulinho Santos, entre as quais, um nariz partido e um maxilar fracturado.
O momento mais baixo, no entanto, seria a agressão ao árbitro argentino Ángel Sánchez, depois de este ter dado ordem de expulsão numa sequência de lances bastante polémicos, num jogo da fase de grupos do Campeonato Mundial de Futebol de 2002, que lhe valeu a expulsão do jogo e suspensão de toda a sua actividade desportiva por 6 meses.
João Pinto nunca conseguiria recuperar do incidente do Campeonato Mundial de Futebol de 2002, falhando nos anos seguintes. Em 2004, após o final do seu contrato com o Sporting CP voltou ao Boavista FC pela mão de João Loureiro, embora tivesse estado perto de assinar contrato com os sauditas do Al-Hilal. À medida que o seu nome ia desaparecendo das notícias dos jornais desportivos, começaram a aparecer frequentes noticias suas nas revistas sensacionalistas acerca do seu divórcio e de um suposto affair com a modelo e actriz Marisa Cruz. Pai de dois filhos do seu casamento inicial com Carla Pinto, Marisa Cruz daria à luz o seu terceiro filho, João, em Setembro de 2005.
Finalizou a sua participação nas selecções nacionais com 81 internacionalizações e 23 golos.
Após uma época no Boavista FC (que quase se qualificou para a Taça UEFA), em que João Pinto marcou 9 golos e foi por diversas ocasiões o Homem do Jogo. Como resultado, o SC Braga endereçou-lhe uma proposta e João Pinto viria a assinar por uma época.
Depois de Ricardo Chaves (ex-Vitória de Setúbal), Zé Carlos (ex-Marítimo) e Maciel (ex-FC Porto/União de Leiria), João Pinto é a transferência mais notável dessa época, época que se revelaria bastante positiva, valendo-lhe a renovação do contrato. Com 35 anos João Pinto prepara-se para iniciar a sua ultima epoca como jogador profissional. O primeiro da Geração de Ouro Portuguesa, deixou a sensação de ter passado ao lado de uma carreira muito mais grandiosa, pois caso tivesse tentado nova aventura no estrangeiro, seria pois muito mais reconhecido, havendo quem defenda a teoria que poderia ter sido melhor que Luis Figo, pois antes deste, e do maestro Rui Costa, no mundo do futebol, já brilhava João Pinto, o pai e Grande Artista do Sporting, e o Menino de Ouro do Benfica.
A 22 de Fevereiro de 2008 foi anunciada a rescisão de contrato amigável entre João Pinto e o Sporting de Braga[1][2]. Chegou a comentar-se que poderia ir para o Toronto FC que disputa a MLS, a liga estadunidense de futebol[3], mas optou por terminar a sua carreira, a 22 de Julho de 2008, cerca de 20 anos depois de se iniciar profissionalmente.